注意一：
自然人股權轉讓目前實行“先稅后證”，也就是公司在做自然人股東工商變更之前，必須由主管稅務部門審核并完稅，申報財產轉讓所得的個稅和產權轉移數據的印花稅。
這個是有法律依據的。《中華人民共和國個人所得稅法》（2018年修正）第十五條規定：個人轉讓股權辦理變更登記的，市場主體登記機關應當查驗與該股權交易相關的個人所得稅的完稅憑證。
注意二：
自然人股權轉讓，一定要注意轉讓價格是否明顯偏低，若是平價或者低價轉讓是否存在正當理由，因為轉讓價格明顯偏低又無正當理由的，存在被稅務按照凈資產比例核定法重新核定股權轉讓的價格的稅務風險。
注意三：
自然人股權轉讓，若是平價或者低價轉讓，這四種情況下是屬于有正當理由，個稅風險不大。
依據《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法（試行）》(國家稅務總局公告2014年第67號)，第十三條 符合下列條件之一的股權轉讓收入明顯偏低，視為有正當理由：
（一）能出具有效文件，證明被投資企業因國家政策調整，生產經營受到重大影響，導致低價轉讓股權；
（二）繼承或將股權轉讓給其能提供具有法律效力身份關系證明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孫子女、外孫子女、兄弟姐妹以及對轉讓人承擔直接撫養或者贍養義務的撫養人或者贍養人；
（三）相關法律、政府文件或企業章程規定，并有相關資料充分證明轉讓價格合理且真實的本企業員工持有的不能對外轉讓股權的內部轉讓；
（四）股權轉讓雙方能夠提供有效證據證明其合理性的其他合理情形。
注意四：
自然人股權轉讓中，只要是簽訂了轉讓協議，并已簽訂生效，不管受讓方是否支付了轉讓款，都需要繳納股權轉讓個稅。
注意五：
自然人股權轉讓，一定要注意轉讓前公司賬面上凈資產金額大小，盡量選擇虧損的時候或者凈資產金額小的情況下進行股權轉讓，這樣面臨的個稅風險較小。
注意六：
自然人股權轉讓，個人將持有的公司股權轉讓給個人持有的一人有限公司，該行為不滿足國家稅務總局公告2014年第67號第十三條的合理理由，照樣需要就股權轉讓所得繳稅個稅。
注意七：
自然人股權轉讓，對于想通過不公允增資擴股、不公允分紅、或者利用減資撤資再增資等達到股權轉讓減少個稅的目的，這樣變通也是有稅務風險的！對于不符合公允價值，也不符合正常的商業邏輯的，進行利益轉移嫌疑的，稅務局有權按照《個人所得稅法》第八條有關反避稅條款核定相關各方的個人所得稅等。
《新個人所得稅法》第八條 有下列情形之一的，稅務機關有權按照合理方法進行納稅調整：
（一）個人與其關聯方之間的業務往來不符合獨立交易原則而減少本人或者其關聯方應納稅額，且無正當理由；
（二）居民個人控制的，或者居民個人和居民企業共同控制的設立在實際稅負明顯偏低的國家（地區）的企業，無合理經營需要，對應當歸屬于居民個人的利潤不作分配或者減少分配；
（三）個人實施其他不具有合理商業目的的安排而獲取不當稅收利益。
稅務機關依照前款規定作出納稅調整，需要補征稅款的，應當補征稅款，并依法加收利息。
注意八：
自然人股權代持中，代持股還原，一定要注意需要按照股權轉讓征收個稅的。代持股還原（名義股東還原為實際股東）其實就是稅務上的股權轉讓，當然需要按照國稅2014年的67號公告來征收股權轉讓的個人所得稅。因此盡量選擇有親屬關系的人來股權代持。
注意九：
自然人股權轉讓中， 若是賬面上存在高溢價資產而且占比資產總額的20%以上了，主管稅務機關可參照納稅人提供的具有法定資質的中介機構出具的資產評估報告核定股權轉讓收入。
